补充侦查时发现新罪该如何处理？刑事诉讼法规定，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行时，应立案侦查并重新计算侦查羁押期限。犯罪嫌疑人身份不明时，可进行身份调查，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。人民审查案件时，可要求补充侦查或自行侦查，补充侦查应在一个月内完成。刑事案件侦查结束后，人民应在一个月内作出决定，可延长时间。如发现可能遗漏罪行，可要求补充侦查后再移交审查起诉。
法律分析
一、补充侦查时发现新罪该如何处理?
发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，应当立案侦查(并案)，同时，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第一百五十六条的规定重新计算侦查羁押期限。全案不受补充侦查时限的。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百六十条在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照本法第一百五十六条的规定重新计算侦查羁押期限。
犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，应当对其身份进行调查，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但是不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，确实无法查明其身份的，也可以按其自报的姓名起诉、审判。
第一百七十五条人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、刑事案件侦查结束后审查起诉的期限是多久?
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十二条人民对于监察机关、机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日;犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。
人民审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民收到案件之日起计算审查起诉期限。
人民在审查起诉过程中，如果发现可能遗漏了相关的罪行，也会退回机关补充侦查的，补充侦查阶段，对新发现的罪行肯定要依法调查的，等新发现的罪行都调查清楚以后，机关才要移交审查起诉。
结语
补充侦查时，如发现犯罪嫌疑人另有重要罪行，应立案侦查，并重新计算侦查羁押期限。补充侦查不受时限。在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行，侦查羁押期限重新计算。对于身份不明的嫌疑人，应进行身份调查，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。人民审查案件时，可以要求机关提供必要的证据材料，并对证据收集的合法性进行审查。补充侦查应在一个月内完成，最多进行两次。补充侦查完毕后，人民重新计算审查起诉期限。审查起诉期限为一个月，重大复杂案件可延长十五日。对于可能遗漏的罪行，人民可要求机关补充侦查，直至所有罪行调查清楚后再移交审查起诉。
法律依据
机关办理刑事案件程序规定：第八章 侦 查 第十节 技术侦查 第二百六十 采取技术侦查措施收集的材料在刑事诉讼中可以作为证据使用。使用技术侦查措施收集的材料作为证据时，可能危及有关人员的人身安全，或者可能产生其他严重后果的，应当采取不暴露有关人员身份和使用的技术设备、侦查方法等保护措施。
采取技术侦查措施收集的材料作为证据使用的，采取技术侦查措施决定书应当附卷。
机关办理刑事案件程序规定：第八章 侦 查 第十节 技术侦查 第二百六十七条 采取技术侦查措施，必须严格按照批准的措施种类、适用对象和期限执行。
在有效期限内，需要变更技术侦查措施种类或者适用对象的，应当按照本规定第二百六十五条规定重新办理批准手续。
机关办理刑事案件程序规定：第八章 侦 查 第十节 技术侦查 第二百六十六条 批准采取技术侦查措施的决定自签发之日起三个月以内有效。
在有效期限内，对不需要继续采取技术侦查措施的，办案部门应当立即书面通知负责技术侦查的部门解除技术侦查措施；负责技术侦查的部门认为需要解除技术侦查措施的，报批准机关负责人批准，制作解除技术侦查措施决定书，并及时通知办案部门。
对复杂、疑难案件，采取技术侦查措施的有效期限届满仍需要继续采取技术侦查措施的，经负责技术侦查的部门审核后，报批准机关负责人批准，制作延长技术侦查措施期限决定书。批准延长期限，每次不得超过三个月。
有效期限届满，负责技术侦查的部门应当立即解除技术侦查措施。
